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制药废水，就是制药厂在生产中成药或西药时所产生的废水。制药废水主要包括抗生素生产（生物制药）废水、合成药物生产（化学制药）废水、中成药生产废水以及各类制剂生产过程的洗涤水和冲洗废水四大类。

药物的生产过程，决定了制药废水的特点。药物的生产是通过化学合成工艺和药用植物中分离提纯得到原料药，其因药物种类不同，生产工艺不同且流程复杂，原辅材料种类多，生产过程对原料和中间体质量控制严格，物料净收率较低，副产品多，导致制药废水具有成分差异大，组分复杂，污染物量多，COD 高，BOD5和CODcr 比值低且波动大，可生化性很差，难降解物质多，毒性强，间歇排放，水量水质及污染物的种类波动大等特点，给治理带来了极大的困难。

制药废水虽然因产品、原料、工艺方法的不同而水质各异，但总的来说，制药废水有机污染物含量高、毒性物质多、难生物降解物质多、含盐量高，是一种危害很大的工业废水，随意排放会对环境造成极大危害，主要危害有：

1，制药废水中污染物之间或与水体中物质发生化学反应，产生新的污染。例如，亚硝胺类物质是一种强致癌物。而在制废水中如果含有土霉素、哌嗪、吗啉和氨基匹林等物质，在酸性介质中即可与NaNO₂作用产生二甲基亚硝胺。

2，有机物在水体中进行生物氧化分解时，都会消耗水中的溶解氧。有机物含量过大就会使水体缺氧或脱氧，从而造成水中好氧水生物死亡，厌氧微生物大量繁殖，缺氧消化产生甲烷、硫化氢、醇、氨、胺等物质，进一步抑制水生生物，使水体发黑发臭。

3，某些药剂及其合成的中间体往往具有一定的杀菌或抑菌作用，从而影响水体中细菌、藻类等微生物的新陈代谢，并最终破坏这一水体整个的生态系统平衡。例如当水中含青霉素、四环素和氯霉素时，可抑制绿藻的生长。